Neben der Messungen zur Thermohydraulik, findet auch ein umfassendes Monitoring zur Grundwasserfauna und Mikrobiologie statt. An ausgewählten Grundwassermessstellen im Berliner Stadtgebiet sowie am Projektstandort werden regelmäßig Probenahmen genommen. Dabei werden ein Jahr lang ca. alle 6 Wochen Grundwasserproben zur Analyse von Fauna, physikalisch-chemischen Parametern (Temperatur, Sauerstoff, Nitrat, etc.) sowie der DNA des Mikrobioms entnommen. Die Messstellen befinden sich sowohl im dicht bebauten Innenstadtbereich als auch in Stadtrandlagen mit Grünflächen, sodass unterschiedliche Landnutzungen verglichen werden können.